（一）河流研究室时期（1959年至1991年）  

主任：  

唐日长（1959.11—……）（1973.5—1981.5）

潘庆燊（1984.1—1991.8）

（二）河流研究所时期（1991年至今）  

所长：  

潘庆燊（1991.8—1997.4）

余文畴（1997.4—2000.11）

卢金友（2002.8—2007.9）

范北林（2009.4—2018.9）

姚仕明（2018.9—2022.3）

金中武（2022.8—至今）