长江科学院重庆分院是水利部长江水利委员会长江科学院在西南地区的综合性科研分支机构。主要以国家发展战略及市场需求为导向，依托国家大坝安全工程技术研究中心、水利部山洪地质灾害防治工程技术中心、重庆市三峡生态环境技术创新中心等科研平台，围绕西南地区防洪抗旱减灾、河湖生态环境复苏、水土保持、智慧水利、水利水电工程建设与安全运行等提供科技支撑和技术咨询服务，助力西南地区水利高质量发展。
分院下设工程技术研究室、生态环境研究室、山地灾害防治研究室、工程质量检测室和办公室。现有职工34人，其中博士7人，硕士20人，正高级工程师3人，高级工程师9人。专业背景涵盖生态学、植物学、环境科学、水土保持与荒漠化防治、水文学及水资源、工程地质、水利工程、机械工程、材料科学与工程、岩土工程等。
针对西南山区河流与水库特点，开展山区河库侵蚀岸坡土壤流失机制研究，侵蚀河库岸坡防护与重建技术研究，消落带生态系统演变机制与植被恢复模式研究，河库岸坡生态系统数据库及生态治理技术体系研究，西南山区河库岸坡与消落带生态系统健康评价体系研究，为西南山区河库岸坡生态治理与消落带生态修复提供技术支撑。
针对西南山区洪旱灾害特点，开展丘陵山区水旱灾害形成过程与机理研究，流域洪水灾害精细化模拟与灾害风险评估技术研究，水旱灾害监测预警预报新技术研究，水旱灾害发展趋势与应急抢险技术研究，水旱灾害风险管理及防御策略研究，为西南地区山洪灾害防治与防汛抗旱决策提供技术支撑。
针对西南山区土壤侵蚀与水土流失问题，开展水土流失过程与调控、流域尺度土壤侵蚀过程与产沙耦合机制、高寒地区土壤侵蚀与水土流失规律、生态系统-土壤侵蚀的互馈过程机理、土壤侵蚀与水土保持环境效应、全球气候变化下土壤侵蚀演变与灾变机理等基础研究。开展工程水土流失过程与防治、水土流失与面源污染防治、水土保持与生态建设、生态清洁型小流域建设、城市水土保持、水土保持新材料新技术研发以及水土保持信息化等应用研究。
针对西南山区水利工程运行安全问题，开展水库安全隐患探测与安全性态演变机制研究，水库风险防控和突发事件应急处置技术研究，水利工程智能化监控与智慧运行技术研究，西南山区水利工程安全评价和应急预案编制，中小型水库运行管理体制机制研究，为西南山区中小型水库智慧、健康、安全运行提供技术支撑。
针对复杂条件下水利工程金属结构与水闸安全，开展金属结构缺陷扩展机制、深水闸门金属结构失效机制与防护技术、复杂环境条件下金属结构腐蚀机理与防护、在役水工金属结构安全监测与安全评价等方面的研究。
针对西南山区引调水等工程中的复杂岩土力学问题，开展多场耦合作用下的岩体变形强度特性试验研究，复杂条件下大型原位物理模型试验研究，复杂地质条件下况下地基、边坡及地下洞室稳定性分析评价与智能化监测预警技术研究。
拥有生态环境监测设备、水工金属结构健康诊断诊断设备、X射线金属残余应力测试系统、TAW-2000微机伺服控制岩石三轴试验机、现场岩体流变试验系统等先进仪器设备。
