流域水环境研究所是长江科学院下设的开展公益科研的研究所之一，主要从事流域尺度的水环境保护及水生态修复应用基础研究，为国家水利事业以及长江治理与保护提供科技支撑，同时面向国民经济建设相关行业提供科技服务。

       研究所下设水环境治理研究室、水生态修复研究室、流域水环境模拟与调控研究室和水污染防治技术研发室。建有水环境、水生态的科学研究与技术研发平台，配备有水质、土壤、水生生物、微生物、水文及河道地形等检测、鉴定和测量设备100余台（套）。拥有工程咨询单位甲级资信证书，水文、水资源调查评价资质证书（甲级）等专业资质。持续保有国家级计量认证资质，通过了ISO质量管理体系认证、环境管理体系认证、职业健康安全管理体系认证。

       现有职工50余人，其中正高6人，副高12人。专业背景涵盖环境科学、环境工程、环境岩土、环境化学、水生生物学、生态学、水利工程、水文水资源、水文地质等。