长科院工程安全与灾害防治研究所溯源于20世纪50年代创建的原型观测专业，是国内最早从事水利水电工程安全监测、安全评估研究及技术服务的单位之一，历经1988年组建大坝安全监测中心的传承演变，于2003年正式成立工程安全与病害防治研究所，随后于2009年经学科研究方向调整优化定名为工程安全与灾害防治研究所。

工程安全与灾害防治研究所学科范围涵盖安全监测技术、工程安全评价与灾害防治、无损探测与测量、监测自动化系统研发、监测系统集成技术等五个研究方向，已成为国内专门从事水利工程安全监测、评价、相关仪器设备与软件研发及水利防灾减灾等领域应用基础研究和应用研究工作的主要机构之一。